Структурные подразделения ДТДМ:
- Региональный центр детско-юношеского туризма, краеведения и спортивно-оздоровительной работы;
- Центр по профилактике детского дорожно-транспортного травматизма;
- Отдел естественно-научного и технического образования;
- Отдел художественного воспитания;
- Отдел организационно-массовой работы;
- Школа раннего развития;
- Республиканский Музей дополнительного образования и воспитания детей.
Коллегиальные формы управления ДТДМ:
- Управляющий совет;
- Общее собрание работников;
- Педагогический совет;
- Методический совет;
- Художественный совет;
- Попечительский совет.